Zgodnie z ustawą o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych premier na wniosek ministra zdrowia, po zasięgnięciu opinii Rady NFZ, powołuje prezesa spośród osób wyłonionych w drodze otwartego i konkurencyjnego naboru.

Kandydat na stanowisko prezesa Funduszu powinien mieć wykształcenie wyższe magisterskie lub równorzędne w zakresie prawa, medycyny, ekonomii, organizacji ochrony zdrowia lub zarządzania, być obywatelem polskim, korzystać z pełni praw publicznych. Kandydować nie może osoba skazana prawomocnym wyrokiem za umyślne przestępstwo lub umyślne przestępstwo skarbowe. Kandydat musi mieć kompetencje kierownicze i co najmniej 6-letni staż pracy, w tym co najmniej 3-letni na stanowisku kierowniczym oraz wiedzę z zakresu spraw należących do właściwości Narodowego Funduszu Zdrowia.

Zgodnie z przepisami, prezes Funduszu nie może być jednocześnie m.in. członkiem Rady Funduszu i rady oddziału wojewódzkiego Funduszu, pracownikiem oddziału wojewódzkiego Funduszu, świadczeniodawcą, właścicielem lub pracownikiem apteki, hurtowni farmaceutycznej lub podmiotu wytwarzającego produkty lecznicze i wyroby medyczne, posiadaczem akcji lub udziałów w spółkach prowadzących podmioty będące świadczeniodawcami.